Cripta di San Michele (chiesa di Santo Stefano)

Questa parte della chiesa era sempre stata ritenuta come “cripta”, salvo rare eccezioni (Castagna). Tuttavia, in seguito alla distruzione dovuta ai bombardamenti e alle conseguenti opere di scavo e di restauro, opere alle quali lavorò il Ceschi, è stata formulata l’ipotesi che in origine non doveva trattarsi di una cripta, ma di una piccola chiesa.
Durante gli scavi e sulla base dei ritrovamenti è stato possibile giungere alla ricostruzione iconografica dell’ambiente; inoltre, l’esplorazione delle strutture ha permesso di concludere che si trattava di una cripta anteriore alla chiesa romanica. I costruttori dell’XI secolo, dovevano aver conservato una cripta più antica, che risulta essere stata intonacata dall’esterno. Un’attenta osservazione ha dimostrato che questa cripta era costituita da due sole file di colonne, quindi di 3 sole navate.
Inoltre, le basi delle varie colonne non erano allo stesso livello, e ciò ha fatto desumere che vi sia stato un rimaneggiamento nel momento della costruzione della nuova chiesa.
La conclusione del Ceschi è che, prima dell’XI secolo, doveva esistere una chiesa importante, di dimensioni minori rispetto all’attuale, fornita di cripta a tre navate. Questa chiesa sarebbe stata demolita alla fine del X secolo, salvando però la cripta, forse per ragioni di culto.
Varie osservazioni, inoltre, fanno pensare a lavori eseguiti in epoche diverse.
L’abside interna della cripta risulta apparecchiata con maggior cura e con materiali diversi rispetto alle lesene che si appoggiano all’abside e che sostengono le volte. Queste ultime presentano una lavorazione molto rozza, che fanno datare l’opera  non oltre il X secolo.
Un altro elemento fa pensare che in origine non si trattasse di cripta: la difficoltà a trovare in Italia un sistema di costruzione a cripta non anulare (e qui non vi sono elementi per poterla considerare tale), prima del  X secolo. Ci si troverebbe quindi di fronte ad una piccola aula absidata, che non può essere considerata cripta e che per la rozzezza della muratura può essere datata intorno al VII secolo.
Ulteriori elementi di carattere storico avvalorano l’ipotesi.
Secondo gli studiosi, infatti, la torre campanaria sarebbe stata una torre bizantina a difesa della città, dato che la provincia ligure era una roccaforte del governo bizantino. Ciò fino alla conquista longobardica, ad opera di Rotari, intorno al 640/643.  I Longobardi, una volta occupate le fortezze bizantine, avevano l’abitudine di erigere piccole chiese dalla caratteristica dedicazione esaugurale .